Organisasi Sekolah Tinggi Agama Islam Darussalam (STAIDA) Krempyang, terdiri atas:

1. Dewan Penyantun
2. Pimpinan, terdiri dari :

• Ketua
• Pembantu Ketua I   Bidang Akademik
• Pembantu Ketua II Bidang Administrasi Umum & Keuangan
• Pembantu Ketua III Bidang Kemahasiswaan

3. Senat Sekolah Tinggi Agama Islam Darussalam Krempyang.
4. Jurusan, terdiri dari :

• Jurusan Syari’ah, dengan Program Studi : Ahwal Al-Syakhsiyyah (AS).
• Jurusan Tarbiyah, dengan Program Studi : Manajemen Pendidikan Islam (MPI).

5. Lembaga Pengkajian, Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LP3M), dengan tiga divisi :

• Divisi Penelitian
• Divisi Pengabdian Pada Masyarakat
• Divisi Penerbitan

6. Dosen, terdiri dari :

• Dosen Tetap (DT) Jurusan (Syari’ah, Tarbiyah)
• Dosen Tidak Tetap (DTT) Jurusan (Syari’ah, Tarbiyah)
• Dosen Luar Biasa
• Dosen Tamu

7. Bagian Administrasi

• Kepala Bagian Administrasi
• Sub bagian Administrasi Umum
• Sub bagian Akademik dan Kemahasiswaan
• Sub bagian Kepegawaian dan Keuangan

8. Unsur Penunjang, terdiri dari :

• Unit Komite Penjaminan Mutu(KPM)
• Unit Laboratorium
• Unit Perpustakaan
• Unit Bahasa

9. Unsur Kelengkapan :

• Ikatan Wali Mahasiswa (IWAMA)
• Ikatan Alumni
• STAIDA Press
• Pusat Studi Gender (PSG)